Калькулятор лигирования и сборки ДНК

Онлайн-калькулятор для расчета необходимых масс и объемов ДНК-компонентов в реакциях:

классического клонирования;
клонирования по технологии Golden Gate;
клонирования по Gibson Assembly.

Для успешного клонирования важно соблюдать правильное молярное соотношение между вектором и вставкой. Так как фрагменты имеют разную длину (в парах оснований), их физическая масса в нанограммах должна пропорционально различаться. Калькулятор соотносит длины всех молекул и выдает точную навеску для каждой из них.

Состав реакционной смеси

Выберите набор для лигирования

Вектор

Длина вектора

п.о.

Масса вектора в реакцию

нг

Концентрация вектора

нг/мкл

Вставки

Название

Длина вставки

п.о.

Соотношение вставка : вектор

Концентрация вставки

нг/мкл

Расчет

Рассчитанные количества компонентов

Фрагмент ДНК	Масса, нг	Объем, мкл
Вектор	–	–
Вставка 1	–	–

Основные рекомендации и возможности калькулятора:

Пропорции: для классического лигирования стандартным является избыток вставки 3:1. При работе со сложными сборками (Gibson/Golden Gate), а также при клонировании длинных или очень коротких (< 200 п.о.) фрагментов возможно изменение молярного соотношения в диапазоне от 1:1 до 7:1 и более.
Мультифрагментное клонирование: калькулятор поддерживает одновременный расчет до 25 вставок. Вы можете добавлять новые строки в один клик для сборки сложных многокомпонентных конструкций.

Алгоритм расчета:

Масса вставки рассчитывается по формуле:

m_{вставки}m_{вектора}L_{вставки}L_{вектора}R, где:

m_{вставки} — необходимая масса вставки в реакцию, нг;

m_{вектора} — введенная масса вектора в реакцию, нг;

L_{вставки} — длина вставки, п.о.;

L_{вектора} — длина вектора, п.о.;

R — соотношение вставка : вектор.