Нанопоровое секвенирование плазмид
Преимущества секвенирования плазмид с использованием технологии определения последовательности ДНК третьего поколения (Nanopore):
- Нет ограничений по длине прочтения;
- Секвенирование не требует этапа ПЦР и подбора праймеров;
- За один запуск можно получить точный сиквенс всей плазмиды;
- Возможность секвенирования участков, недоступных для прочтения методом Сэнгера (например, последовательности AAV ITR, длинные повторы, «шпильки»).
Результаты
Результаты отправляются на электронную почту (в заявке можно указать несколько адресов) в виде ссылки на архив.
Для каждого образца будут переданы материалы:
- Полный сиквенс плазмиды в формате .fasta;
- График равномерности покрытия секвенирования (coverage plot) в формате .png;
- Последовательность ДНК с оценкой точности (quality scores) для каждого нуклеотида в формате .fastq;
- Отсортированные выровненные прочтения в формате .bam.
При заказе услуги по наработке ДНК вместе с результатами секвенирования дополнительно передается пробирка с наработанной плазмидной ДНК.
Дополнительная информация может быть предоставлена по запросу.
Пример результатов секвенирования
Скачать (zip)Размещение заказа
Для оформления заказа, пожалуйста, заполните онлайн-форму и приложите к образцам распечатанную заявку (файл для печати будет доступен на финальном этапе заполнения формы. После оформления заказа заявку также можно будет скачать на странице "История заказов").
Стоимость секвенирования нанопорами
| Кат. # | Сервис | Цена, руб. | Срок выполнения |
|---|---|---|---|
| NPS01 | Секвенирование плазмидной ДНК на основе технологии Nanopore | 5 000 | 5–10 рабочих дней* |
| Дополнительные услуги | |||
| SQP04 | Выделение плазмиды | 600 | +1 день |
| CS043 | Наработка плазмидной ДНК, не менее 2 мкг (Miniprep) | 3 000 | +3 дня |
| CS043 | Наработка плазмидной ДНК, не менее 50 мкг (Midiprep) | 5 800 | +5–10 дней |
* Срок указан с момента запуска (выполняется 2 раза в месяц).
Критерии качества передаваемой плазмидной ДНК
Для успешного выполнения работ передаваемая плазмида должна соответствовать следующим требованиям:
- Соотношение 260/280: 1.8–2.0;
- Соотношение 260/230: 2.0–2.2;
- Концентрация: 100–500 нг/мкл;
- Минимальный объем для плазмид длиной:
<30 кб — 15 мкл;
30–150 кб — 30 мкл;
>150 кб — 50 мкл. - Целостность плазмиды и отсутствие РНК должны быть оценены по электрофорезу в агарозном геле.
Перед секвенированием мы бесплатно выполняем предварительный контроль качества присланной матрицы. При обнаружении отклонений выполнение заказа приостанавливается для обсуждения всех деталей и рисков.
Выделение плазмидной ДНК производится только из образцов бактериального происхождения. Вы можете предоставить бактерии в агарозной среде на чашках или других носителях. Во избежание замораживания образцов с живыми бактериями указывайте на упаковке: "Хранение: +4 °С".
Пожалуйста, обратите внимание, что мы не принимаем условно-патогенные, патогенные организмы и организмы из неизвестных источников.
Отправка образцов
Возможные способы отправки образцов:
передать с курьером;
принести в любой пункт выдачи/приема заказов СДЭК;
оставить на ресепшен Евроген по рабочим дням с 9:00 до 19:00.
Подробная информация о том, как нас найти, представлена по ссылке.
Для оформления курьерской отправки образцов вы можете написать нам на sequence@evrogen.ru или
самостоятельно отправить образцы через СДЭК (курьером или принести в любой пункт выдачи/приема заказов).
Подробнее по СДЭК
Для оформления отправки через СДЭК за наш счет (с последующим добавлением цены доставки к стоимости заказа), пожалуйста, позвоните нашему менеджеру СДЭК:
+7 (929) 241-70-80, Александр Фролов
Режим работы: с 8:00 до 17:00 (Москва, UTC+3).
Список пунктов СДЭК
Отправляемые образцы утилизируются после выполнения работ и не подлежат возврату.
Ограничения метода
Несмотря на возможность прочтения сверхдлинных фрагментов, нанопоровое секвенирование имеет ограничения. В единичных случаях возможны ошибки при прохождении протяженных гомополимерных трактов и повторяющихся участков (например, одинаковых промоторов, экспрессионных кассет и т.д.).
В случае невозможности исполнения заказа, возникшей по вине заказчика (например, неверно предоставленной информации о нуклеотидной последовательности, присланных некачественных биологических материалов), произведенные услуги подлежат оплате в полном объеме.
Евроген гарантирует сохранение конфиденциальности данных, полученных в процессе обсуждения и выполнения заказа.