Синтез олигонуклеотидов (праймеров)
Синтез ДНК-олигонуклеотидов выполняется на Applied Biosystems ABI 3900 и dr.Oligo 192.
Качество синтеза контролируется с помощью аналитического электрофореза в ПААГ и масс-спектрального анализа. Олигонуклеотиды поставляются в обессоленном и лиофилизированном виде.
Стоимость синтеза ДНК-олигонуклеотидов
| Кат. # | Шкала синтеза (мкмоль) | Кол-во (OE)* | Гарант. кол-во (нмоль)** | Цена нуклеотида (руб.) | Доп. очистка (руб.) | Кинирование (руб.) | Срок синтеза*** | Длина (нт) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SP00A | 0.02 | 2–3 | 3 | 35 | 1 400 | 350 | 2–5 дней | 6–60 |
| SP001 | 0.04 | 5 | 25 | 40 | 1 400 | 350 | 2–4 дня | 6–135 |
| SP002 | 0.2 | 35 | 90 | 65 | 2 700 | 500 | 3–7 дней | 6–90 |
| SP003 | 1 | 135 | 450 | 180 | — | 650 | 3–7 дней | 6–50 |
* Количество в ОЕ (оптические единицы) для олигонуклеотидов длиной 20 оснований.
** Гарантированное количество для олигонуклеотидов без дополнительной очистки ВЭЖХ и (или) в ПААГ. Получаемые количества очищенных олигонуклеотидов описаны ниже.
*** Срок синтеза указан в рабочих днях; дополнительные опции увеличивают срок выполнения работ:
– очистка ВЭЖХ и (или) в ПААГ: на 5 рабочих дней;
– кинирование: на 2 рабочих дня.
Благодаря высокому качеству синтеза полученные олигонуклеотиды не нуждаются в дополнительной очистке для большинства приложений.
Дополнительная очистка рекомендуется при дальнейшем использовании олигонуклеотидов для генно-инженерных работ или NGS, а также при заказе олигонуклеотидов сложной структуры (например, G-богатых сиквенсов).
Количество олигонуклеотидов (нмоль) зависит от выполнения дополнительных очисток ВЭЖХ и (или) в ПААГ, структуры, длины олигонуклеотида и наличия модификаторов.
Соотношение шкалы синтеза (мкмоль) и количества олигонуклеотида (нмоль)
| Шкала синтеза | Немодифицированные олигонуклеотиды | Модифицированные олигонуклеотиды** | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Без очистки | С очисткой* | |||||
| Среднее количество | Фактический диапазон | Среднее количество | Фактический диапазон | Среднее количество | Фактический диапазон | |
| 0.02 | 15 | 3–25 | 4 | 2–8 | — | — |
| 0.04 | 40 | 25–80 | 25 | 10–60 | 20 | 6–80 |
| 0.2 | 140 | 90–210 | 85 | 40–130 | 70 | 25–240 |
| 1 | 750 | 450–1 000 | — | — | — | — |
* Для очищенных олигонуклеотидов длиной 61–90 оснований фактическое количество (нмоль) может снижаться до 60% от заявленных значений; для очищенных олигонуклеотидов длиной более 90 оснований — до 30%.
** Для олигонуклеотидов с модификациями на 3′-конце фактическое количество (нмоль) может снижаться до 50% от заявленных значений.
Модификации
Для олигонуклеотидов, синтезируемых по шкале 0.04 мкмоль или 0.2 мкмоль, доступны любые модификации, приведенные в списке ниже.
При синтезе по шкале 1 мкмоль возможно внесение только аффинных меток, функциональных групп и модифицированных оснований.
По шкале 0.02 синтезируются только немодифицированные олигонуклеотиды (праймеры).
Спектры поглощения BHQ-1, BHQ-2 и BHQ-3 с максимумами излучения репортеров
FAM, TET, R6G, HEX, JOE, TAMRA, Cy3, ROX, Cy5 и Cy5.5
| Название | Возможные позиции | Шкала синтеза (мкмоль), руб. | ||
|---|---|---|---|---|
| 5' | 3' | 0.04 | 0.2 | |
| Флуоресцентные красители и тушители | ||||
| Cy3 | + | + | 2 350 | 4 700 |
| Cy5 | + | + | 2 350 | 4 700 |
| Cy5.5 | + | + | 2 350 | 4 700 |
| FAM | + | + | 1 800 | 3 600 |
| HEX | + | + | 2 350 | 4 000 |
| JOE | + | + | 1 800 | 3 600 |
| R6G | + | + | 2 350 | 4 700 |
| ROX | + | + | 2 350 | 4 700 |
| TAMRA | + | + | 1 800 | 3 600 |
| TET | + | + | 2 350 | 4 700 |
| BHQ-1 | + | + | 2 350 | 4 700 |
| BHQ-2 | + | + | 2 350 | 4 700 |
| BHQ-3 | + | 2 900 | 5 800 | |
| Аффинные метки и функциональные группы | ||||
| Alkyne | + | + | 700 | 1 400 |
| Biotin | + | + | 2 350 | 4 700 |
| NH₂ | + | + | 2 350 | 4 700 |
| Phosphate | + | + | 2 350 | 4 700 |
| Модифицированные нуклеиновые основания | ||||
| Инозин (I) | 480 | 960 | ||
| Дезоксиуридин (U) | 480 | 960 | ||
* Полная стоимость модифицированного олигонуклеотида складывается из цены модификации и цены немодифицированного олигонуклеотида.
Очистка методом ВЭЖХ и (или) в ПААГ включена в стоимость красителей и тушителей.
В случае невозможности исполнения заказа, возникшей по вине заказчика (например, неверно предоставленной информации о нуклеотидной последовательности), произведенные услуги подлежат оплате в полном объеме.
Евроген гарантирует сохранение конфиденциальности данных, полученных в процессе обсуждения и выполнения заказа.