Практикум по генной инженерии: описание задач

Задача 1. Выделение суммарной РНК; анализ суммарной РНК методом гель-электрофореза

В рамках задачи предлагается выделение РНК из фиксированных тканей кораллового полипа рода Clavularia. Однако, для выделения РНК можно использовать любые другие доступные живые объекты (например, любое насекомое, икра рыб, улитка из аквариума). Анализ суммарной РНК методом гель-электрофореза является завершающим этапом первой задачи.

1 учебный день

Задача 2. Синтез кДНК на матрице суммарной РНК

Задача включает приготовление амплифицированной двухцепочечной кДНК и оценку качества препарата с помощью гель-электрофореза.
В качестве стартового материала может быть использована РНК, полученная при выполнении задачи 1, или контрольная РНК из набора Clavularia FP cloning set.

1.5–2 учебных дня

Задача 3. Идентификация 3'- и 5'-концевых фрагментов целевых транскриптов

Задача включает два или три последовательных раунда быстрой амплификации 3’-концевого фрагмента кДНК флуоресцентного белка из кораллового полипа Clavularia. В результате выполнения задачи должен быть получен гомогенный продукт ПЦР длиной около 550 п.о., соответствующий 3’-концевой последовательности мРНК.
Продукт амплификации может быть клонирован и секвенирован, если учебный центр оснащен необходимым оборудованием.
В качестве стартового материала может быть использована кДНК, полученная при выполнении задачи 2, или контрольная кДНК из набора Clavularia FP cloning set.
В целях экономии времени, процедура 5’-RACE вынесена за рамки лабораторной работы и рассматривается только теоретически

2 учебных дня

Задача 4. Амплификация полной кодирующей последовательности гена флуоресцентного белка и его направленное клонирование в бактериальный экспрессионный вектор

Задача включает амплификацию и направленное клонирование в экспрессионный вектор полной кодирующей последовательности гена флуоресцентного белка, отбор целевых клонов и выделение плазмидной ДНК.
В качестве стартового материала может быть использована кДНК, полученная при выполнении задачи 2, или контрольная кДНК из набора Clavularia FP cloning set.

6 учебных дней (3 дня + интервал 2 дня + 1 день)

Задача 5. Экспрессия гена флуоресцентного белка в бактериях E. coli, визуализация и выделение рекомбинантного белка

Задача включает наращивание биомассы, продуцирующей рекомбинантный белок, визуализацию флуоресценции как доказательство функциональной активности этого белка и выделение рекомбинантного белка методом металл-аффинной хроматографии.
В качестве стартового материала могут быть использованы трансформированные бактерии, полученные при выполнении задачи 4, или контрольная плазмида, вложенная в набор Clavularia FP cloning set. В последнем случае лабораторная работа должна включать трансформацию бактерий контрольной плазмидой.

2 учебных дня