Eng | Ru

Секвенирование генома SARS-CoV-2

Услуга включает

  • Обогащение вирусной кДНК, предоставленной заказчиком, с помощью мультиплексной амплификации;
  • Секвенирование на Illumina MiSeq;
  • Биоинформатическую обработку полученных данных.

Материалы, предоставляемые заказчиком

кДНК генома коронавируса
Протокол cинтеза с помощью ревертазы Mint и случайных 10-нуклеотидных праймеров (pdf)

Описание работы

Подготовка библиотек включает этап обогащения последовательностями генома SARS-CoV-2 методом мультиплексной амплификации со специфичных праймеров, что позволяет получить результат даже при низком содержании вирусного генома в исходных образцах.
Библиотеки секвенируются на Illumina MiSeq в формате двусторонних чтений 2х150 п.о. со средним покрытием 200-500Х.
В ходе биоинформатического анализа полученные данные фильтруются и выравниваются на референсный геном.

Результат работы

  • FASTQ файлы с чтениями;
  • чтения, картированные на референсную последовательность;
  • таблица с найденными вариантами;
  • консенсусная последовательность генома изолята SARS-CoV-2;
  • отчет о секвенировании.

Покрытие генома зависит от качества исходного биоматериала

Покрытие генома коронавируса, исходный материал – синтетическая РНК высокого качества.

98 % генома с покрытием более 10Х.

Голубым цветом представлена последовательность референсного генома коронавируса.

Оранжевым – глубина покрытия.

Покрытие генома коронавируса, выделенных из разного биоматериала.

Цифрами показан % генома с покрытием более 10Х.

Голубым цветом представлена последовательность референсного генома коронавируса.

Оранжевым – глубина покрытия.


СЕРВИСЦЕНА, РУБ.СРОК
Секвенирование генома вируса SARS-CoV-2 на платформе Illumina.
Биоинформатический анализ полученных данных.
22 000 4-6 недель

Срок выполнения

В таблицах указан стандартный срок выполнения заказов. Гарантированный срок сдачи работ может превышать стандартный на 1-2 недели и зависит от качества и природы исходных материалов, а также от необходимости проведения дополнительных процедур.
Полная стоимость заказа рассчитывается с учетом дополнительных работ и оформляется в виде спецификации, содержащей все детали заказа.

Производительность

В таблицах указан обычный выход для сбалансированного по нуклеотидному составу образца, практические выходы зависят от структуры библиотек и могут отличаться от заявленных.

Конфиденциальность

Евроген гарантирует сохранение конфиденциальности данных, полученных в процессе выполнения и обсуждения заказа.

© 2002-2020 Евроген.
Россия, Москва, ул. Миклухо-Маклая 16/10.