Eng | Ru

Cтратегия исследования

Выбор маркеров основан на систематическом анализе научных публикаций в области молекулярной и клинической онкологии (PubMed, ASCO, AACR), а также биомедицинских баз данных, описывающих структуру генома и транскриптома человека (ENSEMBL, UCSC), молекулярные механизмы наследственных заболеваний (OMIM, LSDB), генетические нарушения при злокачественных опухолях (ICGC, TCGA, CGP), особенности опухолевого транскриптома (ReMBraNDt, OCELOT и др.) и влияние молекулярных нарушений на течение опухолевого процесса и эффективность противоопухолевого лечения (Broad Institute Cancer Portals, Oncomine).

Исследования производятся с применением ряда современных молекулярно-генетических методов:

  • Установление первичной структуры (нуклеотидной последовательности) ДНК осуществляется с помощью прямого секвенирования, фрагментного анализа, рестрикционного анализа и аллель-специфической ПЦР.
  • Оценка статуса метилирования CpG-островков ДНК выполняется теми же методами после бисульфитной модификации ДНК или ее обработки метилчувствительными и метилспецифическими рестриктазами.
  • Анализ количества копий фрагментов ДНК (установление амплификаций или делеций) проводится с помощью количественной ПЦР в режиме реального времени и флуоресцентной гибридизации in situ (FISH).
  • Выявление крупных перестроек в ДНК (транслокаций, обширных делеций и инсерций) осуществляется методами ПЦР в режиме реального времени, прямого секвенирования и флуоресцентной гибридизации in situ (FISH).
  • Оценка уровня экспрессии мРНК осуществляется методом количественной ОТ-ПЦР в режиме реального времени.
  • Оценка уровня экспрессии белков и анализ их посттрансляционных модификаций проводится иммуногистохимическим методом и методом вестерн-блоттинга.

Для анализа мутаций опухолевого происхождения в сложных биологических образцах (в том числе в ДНК и РНК биологических жидкостей) мы применяем оригинальные протоколы выявления редких аллелей, в частности, на основе высокоэффективной технологии WTB-PCR.

Нами также отработаны технологии выделения и анализа ДНК и РНК из биологических образцов с высокой степенью деградации нуклеиновых кислот, в том числе из парафиновых блоков, плазмы и сыворотки крови и мочи.

Точность наших исследований (на примере гена K-Ras) подтверждена сертификатом системы внешнего контроля качества Европейского общества патоморфологии.

© 2002-2020 Евроген.
Россия, Москва, ул. Миклухо-Маклая 16/10.